O Centro de Investigação Naval (CINAV), que suporta a Escola Naval na sua componente Universitária e de Investigação, organizou-se em torno de 7 (sete) linhas de investigação estratégicas: (1) História Marítima, (2) Estratégia Marítima, (3) Gestão da Manutenção, (4) Robótica Móvel, (5) Processamento de Sinal, (6) Sistemas de Apoio à Decisão e (7) Saúde Naval. No entanto, também tem desenvolvido trabalho de investigação não integrado em Linhas de Investigação.