A Escola Naval é constituída por diferentes órgão de direcção. Neste espaço encontram-se os Organogramas constituintes e também o descritivo dos diferentes órgãos de direcção da Escola Naval.
Comandante
A Escola Naval é superiormente dirigida por um Contra-almirante da classe de Marinha, responsável pela sua direção e administração.
2º Comandante
O 2º Comandante da Escola Naval é um Capitão-de-mar-e-guerra da classe de Marinha que coadjuva o Comandante, com as competências por ele delegadas e substituindo-o nas suas ausências e impedimentos.
Conselho Científico
Presidido pelo Comandante, incumbindo-lhe emitir pareceres e aconselhar em matérias relacionadas com a orientação científica e técnica do ensino.
Conselho Pedagógico
Presidido pelo Comandante ou, por sua delegação, pelo Diretor de Ensino, incumbindo-lhe emitir pareceres e aconselhar em matérias diretamente relacionadas com o processo de ensino - aprendizagem.
Conselho de Disciplina Escolar
Presidido pelo Comandante ou, por sua delegação, pelo 2º Comandante, incumbindo-lhe aconselhar em assuntos de natureza militar e disciplinar relativos aos alunos.
Centro de Investigação Naval
Ao Centro de Investigação Naval (CINAV) incumbe congregar e coordenar as atividades de Investigação e Desenvolvimento na Escola Naval, assim como alguns dos projectos de I&D da Marinha.
Gabinete de Coordenação da Avaliação
O Gabinete de Coordenação da Avaliação (GCA) é responsável pelo tratamento dos assuntos respeitantes ao sistema de avaliação e acompanhamento do ensino superior universitário, competindo-lhe nomeadamente propor medidas e desenvolver ações tendentes à concretização da autoavaliação e apoiar a avaliação externa do ensino ministrado na Escola Naval.
Direção de Ensino
À Direção de Ensino compete o planeamento, a coordenação e o controlo do ensino ministrado na Escola Naval.
Corpo de Alunos
O Corpo de Alunos é responsável pela integração dos alunos na Escola Naval e a execução de ações complementares de preparação militar, moral, cultural e física.
Departamentos e Serviços de Apoio
A Escola Naval dispõe de um departamento administrativo e financeiro, um departamento de pessoal e um departamento de material.