Desde a criação do CINAV que qualquer atividade de investigação que se iniciasse seria considerada um projeto. Dada a atual dimensão e abrangência da I&D na Marinha e o volume de projetos em que o CINAV se tem envolvido nestes últimos oito anos, surgiu a necessidade de separar os projetos ‘tradicionais’, com um prazo restrito e tarefas bem determinadas, dos projetos sem financiamento, contínuos/abrangentes, sem datas de início e final definidas. O nome encontrado para estes projetos abertos foi ‘programas de investigação’ (exemplo: Mestrados, História e Arqueologia, E-ventos, etc). Estes programas são considerados “centros de custo” para efeitos contabilísticos, e servem para agregar esforços em tarefas concretos. São por isso mais específicos e limitados do que as Linhas de Investigação, mas mais inclusivos e abertos do que os projetos, não tendo necessariamente data de conclusão ou orçamento. Esta separação permite uma comparação mais realista com outros centros de investigação, porquanto impede a criação artificial de projetos sem conteúdo real.
Durante o ano de 2018, o CINAV reorganizou então as atividades de investigação em programas e projetos. O CINAV esteve envolvido, com diferentes graus de participação, em 21 programas de investigação, 2 poderão pontualmente ter algum financiamento externo nacional (via MDN e FCT) e 19 têm apenas financiamento interno do CINAV/Marinha.