Os mestrados em Medicina Naval têm a duração de 6 anos curriculares (5 anos escolares e 1 ano de estágio), sendo este grau atribuído pela Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa. Esta Faculdade garante a formação académica dos alunos e a formação militar-naval é garantida pela Escola Naval.
Após o término do Curso de Formação de Médicos Navais, tem início o ano comum que visa a profissionalização, preparando o recém-formado para o exercício profissional autónomo.
Os oficiais Médicos Navais inscrevem-se, então, na Ordem dos Médicos estando habilitados a exercer medicina na Marinha assim como em outras instituições públicas ou privadas. Segue – se o Internato Complementar que tem por objetivo a diferenciação e a especialização, habilitando o Médico Naval para o exercício de uma especialidade.