O Comandante Carlos Pereira Mendes nasceu em Lisboa, ingressou na Escola Naval em 1987, onde se licenciou em Ciências Militares Navais - Administração Naval e possui uma pós-graduação em Logística pelo Instituto Superior de Gestão.
Serviu nas corvetas “Honório Barreto" e “Augusto Castilho", foi Chefe do Serviço Administrativo e Financeiro da Esquadrilha de Navios Patrulhas e Chefe do Serviço de Abastecimento da Flotilha.
Prestou igualmente serviço na Direcção de Abastecimento, no Museu de Marinha e na Fragata “Comandante Hermenegildo Capelo", na qual participou na missão humanitária em Timor-Leste, em 2000.
Desempenhou funções de Chefe do Departamento Administrativo e Financeiro no ex-Grupo N.º1 de Escolas da Armada, em Vila Franca de Xira.
Na Escola Naval foi professor das disciplinas da área da Logística e do Abastecimento Naval e acumulou as funções de Chefe do Gabinete de Relações Públicas e Divulgação.
Durante quatro anos prestou serviço na Divisão de Recursos do Estado-Maior da Armada e em 2012 foi nomeado Chefe da Divisão de Programação e Relações Externas da Direção-Geral de Armamento e Infraestruturas de Defesa, no Ministério da Defesa Nacional.
De outubro de 2015 a julho de 2022, foi Diretor de Serviços de Armamento e Equipamento da Direção-Geral de Recursos da Defesa Nacional.
De setembro de 2022 a agosto de 2025 foi o Oficial de Ligação junto à NATO Support and Procurement Agency – NSPA, no Luxemburgo.
Atualmente é professor da Escola Naval.