O Professor Rafael Bagagem Henriques é doutorado em Engenharia Física Tecnológica pelo Instituto Superior Técnico (IST) da Universidade Lisboa.
Direta e indiretamente, esteve sempre ligado ao ensino desde os finais do seu curso de Mestrado (2009/2010), quando se iniciou como técnico de laboratório do e-lab, um laboratório de experiências reais de física, controladas remotamente, para fins pedagógicos. Durante vários anos, deu aulas no IST como monitor em diversas unidades curriculares dos ramos da física e da eletrónica.
Iniciou a sua carreira científica com a realização da sua tese de Mestrado na área da Fusão Nuclear Controlada no Instituto de Plasmas e Fusão Nuclear (IPFN) no IST, em 2010. Tendo continuado nessa mesma área desde então, realizou a sua tese de doutoramento no IPFN e participou em diversas colaborações e projetos internacionais. Através da Agência Internacional da Energia Atómica, participou em atividades internacionais de investigação dedicadas à exploração experimental de dispositivos de fusão nuclear (tokamak) de pequenas dimensões. De 2017 a 2024, trabalhou no laboratório Culham Centre for Fusion Energy no Reino Unido, contribuindo ativamente para a operação e exploração científica do dispositivo de fusão nuclear denominado Joint European Torus (o maior tokamak do mundo em operação até ao final de 2023), um projeto do consórcio da EUROfusion. De volta a Portugal, mantem uma colaboração com o IPFN através do projeto ISTTOK – o tokamak português (no IST).
Desde o início do ano letivo 2025/2026, é professor de Física na Escola Naval e membro do Centro de Investigação Naval (CINAV). No CINAV, a sua linha principal de investigação é Processamento de Dados.