Desde agosto de 2025, João Francisco Favinha Ameixa é Professor Auxiliar de Telecomunicações na Escola Naval, investigador e Adjunto para a Gestão de Projetos no Centro de Investigação Naval (CINAV). Leciona as unidades curriculares de Propagação de Radiação Eletromagnética, Micro-ondas, Optoelectrónica, Antenas e Radio-propagação.
É doutorado em Física pela Universidade de Innsbruck e em Biologia das Radiações e Bioquímica — Física Atómica e Molecular Aplicada — pela Universidade NOVA de Lisboa, em regime de cotutela, tendo concluído o doutoramento em 2020. Possui ainda o Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica pela Universidade NOVA de Lisboa, concluído em 2015.
A sua atividade científica desenvolve-se na interface entre a física, a química e a nanotecnologia, com foco no estudo de processos fundamentais induzidos por radiação e eletrões de baixa energia, bem como na sua tradução para aplicações tecnológicas. Ao longo do seu percurso, tem trabalhado em ambientes de investigação internacionais, colaborando com instituições académicas e infraestruturas científicas de referência em Portugal, Áustria, Alemanha, Dinamarca e Suécia.
A sua investigação abrange desde o estudo detalhado dos processos de captura eletrónica dissociativa e fragmentação molecular em fase gasosa, até ao desenvolvimento e caracterização de nanomateriais e nanoestruturas funcionais, incluindo abordagens baseadas em nanotecnologia de DNA, plasmónica e materiais avançados. Estas linhas de investigação têm aplicações em áreas como saúde, sensores, e tecnologias ambientais.
É autor de mais de 30 publicações científicas em revistas internacionais de elevado impacto, incluindo Nature Communications, Accounts of Chemical Research, Angewandte Chemie, acumulando mais de 300 citações. Tem participado em projetos de investigação competitivos nacionais e europeus, nomeadamente projetos financiados pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) e ações COST.
Para além da atividade científica, tem desempenhado funções de coordenação científica e gestão de atividades de I&D. O mérito científico do seu trabalho tem sido reconhecido internacionalmente, tendo recebido, o Young Researcher Award na Modelling and Design of Molecular Materials Conference (MDMM 2022) e o Best Poster Prize na conferência Collisional Physics and Chemistry and their Applications (COPCA 2022), e foi ainda nomeado para participação no 71st Lindau Nobel Laureate Meeting. É presidente do Conselho Fiscal da Sociedade Portuguesa de Vácuo (SOPORVAC) para o triénio 2026-2029.