O Capitão-de-fragata José João Rodrigues Pedra ingressou na Escola Naval em 1989. É Pós-Graduado em Estudos da Paz e da Guerra nas Novas Relações Internacionais, pela Universidade Autónoma de Lisboa, e Mestre em Estratégia, pelo Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas.
Ao longo da sua carreira embarcou em várias unidades navais tendo em 2004, durante a comissão de embarque no NRP Álvares Cabral, integrado no Standing NATO Maritime Group 1 e participado na Operação Active Endeavour.
Em terra, exerceu funções como planeador no Departamento de Treino e Avaliação da Flotilha, de onde destacou para frequentar o Curso de Estado-Maior Conjunto, no ano letivo 2008-2009. Findo o Curso de Estado-Maior Conjunto, assumiu as funções de professor no Instituto de Estudos Superiores Militares, designadamente na Área de Ensino de Estratégia e na Área de Ensino Específico da Marinha.
Em outubro de 2013, iniciou funções como imediato no NRP D. Francisco de Almeida, cargo que desempenha atualmente.
É autor de artigos publicados em livros e revistas nacionais.