​Ao longo do ano letivo os alunos da Escola Naval realizam diversas atividades de aplicação militar-naval. Destacam-se exercícios fluviais, treinos de tiro, provas de orientação e perícia, torneios de vela, entre outras.

Está previsto, no plano de atividades de aplicação Militar-Naval da Escola Naval, a concretização de um exercício anual, na forma de planeamento e execução da descida de um rio de Portugal Continental, com recurso à utilização de botes de borracha a remos, a praticar por cadetes da Escola Naval, em algumas edições participam alunos das Academias Militar, da Força Aérea, do Instituto de Ciências Policiais e Segurança Interna, Universidades de Portugal, Escuela Naval Militar – Espanha e Marineschule Mürwik – Alemanha.

A prova desportiva consiste em efetuar um percurso fluvial de dificuldade mediana, com cerca de 20 Km, em bote de borracha com recurso a remos e será objeto de reportagem em jornais regionais, nacionais e outros meios de comunicação social, nomeadamente cadeias televisivas. 

Este evento tem como principal objetivo proporcionar aos cadetes alunos, futuros oficiais da Marinha, a consolidação e prática de alguns valores da formação militar, cívica e humana, promovendo a interação entre a Escola Naval e as populações e juventude do nosso País.

No âmbito das atividades de Formação Militar-Naval do Corpo de Alunos da Escola Naval, realiza-se anualmente o Exercício Troia, exercício de campo envolvendo os cadetes do 1º, 2º, 3º, 4º anos e alunos do CFOST, que decorre na península de Troia (onde se incluem as instalações militares do Ponto de Apoio Naval de Troia), na zona de Pinheiro da Cruz e estuário do Rio Sado.

O intuito deste exercício visa permitir aos cadetes a prática dos conhecimentos adquiridos durante a instrução de formação marinheira, instrução militar, operações navais e a prática da educação física, desenvolvendo valores como espírito de corpo, sentido de camaradagem, coragem física, capacidade de liderança, sentido de determinação e capacidade de resistência.

Descida do Rio 2016 
A Escola Naval realizou nos dias 4 e 5 de fevereiro o exercício Descida do Rio 2016 no Rio Mondego num percurso de cerca de 22Km entre Penacova e Coimbra.

Tróia 2016​
A Escola Naval no âmbito do seu Plano Anual de Atividades Escolares, e inserido nas actividades de aplicação militar-naval, realizou, de 18 a 22 de março, o exercício “Troia 2016” na península de Tróia.