A Escola Naval oferece um conjunto de Mestrados Integrados nas especialidades de Marinha, Engenheiros Navais – ramos de Mecânica e de Armas e Eletrónica, Administração Naval e Fuzileiros.

Estes Mestrados possibilitam aos alunos desempenhar diversas funções ligadas ao mar e cargos caraterizados pelo seu elevado nível de excelência científico - tecnológica.

Em associação com a Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, a Escola Naval tem ainda a incumbência do processo de admissão, supervisão académica e formação militar-naval dos alunos que frequentam o Mestrado em Medicina Naval.

No âmbito, do Ensino Superior Politécnico, direcionado para Oficiais RC, Sargentos e Praças, a Escola consagra Licenciaturas nas áreas de Administração e Secretariado, Armas e Eletrónica, Mecânica, Fuzileiros, Informática, Mergulhadores, Hidrografia, Comunicações.